Z2
Mikroorganismen: Kultivierung und Einzelzellanalysen
Die Hauptaufgabe des Z2-Projektes ist die Entwicklung einer Plattform, welche die Isolierung und Identifizierung von Mikroorganismen ermöglicht, die mit Tier- und Pflanzenmetaorganismen assoziiert sind. Diese werden im SFB 1182 mit standardisierten Werkzeugen in allen Teilprojekten untersucht. Für dieses Ziel werden etablierte Methoden und Medien für die mikrobielle Kultivierung, sowie modernste Werkzeuge zur Trennung und Analyse einzelner Zellen eingesetzt. Das Ziel ist eine hohe Standardisierung in folgenden Bereichen zu erreichen:
(i) Isolierung und Identifizierung von Wirt-assoziierten Mikroorganismen, die schwer anzureichern sind und sich nur schwer in reinen Kulturen vermehren lassen, sowie die Entwicklung neuer Instrumente.
(ii) Strukturanalyse der mikrobiellen Gemeinschaft eines Wirte mit Hilfe eines 16S-rRNA-Sequenzierungs-Ansatzes, wobei koordinierte Protokolle für die DNA-Extraktion verwendet werden, um vergleichbare Datensätze für die Wirt assoziierten Konsortien in allen SFB 1182-Projekten zu gewährleisten.
(iii) Fluoreszenz aktivierter Zellsortierung (FACS) wird als Werkzeug um einzelne mikrobielle oder eukaryotische Zellen aus komplexen Gemeinschaften zu trennen eingesetzt, wodurch Einzelzellanalyse (z. B. Einzelzellgenomik), sowie die Kultivierung von langsam wachsenden Bakterien ermöglicht wird.
Wissenschaftler
Prof. Dr. Ruth Anne Schmitz-Streit
Julia-Vanessa Böge
Publikationen
2019
Evaluating the quorum quenching potential of bacteria associated to Aurelia aurita and Mnemiopsis leidyi
Prasse D, Weiland-Bräuer N, Jaspers C, Reusch TBH , Schmitz RA (2019) bioRxiv. doi: 10.1101/602268
2018
Functions of the Microbiota for the Physiology of Animal Metaorganisms
Esser D, · Lange J, · Marinos G, · Sieber M, Best L, Prasse D, Bathia J, Rühlemann MC, Boersch K, Jaspers C, Sommer F (2018) J Innate Immun DOI: 10.1159/000495115
Differential expression of immune receptors in two marine sponges upon exposure to microbial-associated molecular patterns.
Pita L, Hoeppner MP, Ribes M, Hentschel U (2018); Sci Rep. 8(1):16081.doi: 10.1038/s41598-018-34330-w
The sponge holobiont in a changing ocean: from microbes to ecosystems.
Pita L, Rix L, Slaby B M, Franke A, Hentschel U (2018); Microbiome, 6(46). doi: 10.1186/s40168-018-0428-1
Metaorganisms in extreme environments: do microbes play a role in organismal adaptation?
Bang C, Dagan T, Deines P, Dubilier N, Duschl W J, Fraune S, Hentschel U, Hirt H, Hülter N, Lachnit T, Picazo D, Galan P L, Pogoreutz C, Rädecker N, Saad M M, Schmitz R A, Schulenburg H, Voolstra C R, Weiland-Bräuer N, Ziegler M, Bosch T C G (2018); Zoology, doi: 10.1016/j.zool.2018.02.004
2016
Emerging Sponge Models of Animal-Microbe Symbioses.
Pita L, Fraune S, Hentschel U (2016); Front Microbiol., 7:2102. doi: 10.3389/fmicb.2016.02102
Shedding light on cell compartmentation in the candidate phylum Poribacteria by high resolution visualisation and transcriptional profiling.
Jahn M T, Markert S M, Ryu T, Ravasi T, Stigloher C, U Hentschel, Moitinho-Silva L (2016); Scientific Reports, 6:35860. doi: 10.1038/srep35860
Combination of Bottom-up 2D-LC-MS and Semi-top-down GelFree-LC-MS Enhances Coverage of Proteome and Low Molecular Weight Short Open Reading Frame Encoded Peptides of the Archaeon Methanosarcina mazei.
Cassidy L, Prasse D, Linke D, Schmitz R A, Tholey A (2016)
J Proteome Res., 15(10):3773-3783. doi: 10.1021/acs.jproteome.6b00569