Prof. Dr. John Baines
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Vita
Ausbildung
2000 – 2004
PhD Arbeit an der Ludwig-Maximilian-Universität München unter Leitung von Prof. Wolfgang Stephan:
“Empirical approaches to detecting the action of natural selection in Drosophila”
1998 – 2000
Master of Science, Biologie, University of Rochester, New York, USA
1994 – 1998
Bachelor of Science, Biochemie, University of Maryland College Park, USA
Forschungserfahrung / Akademische Errungenschaften
seit 2009
Professor, Evolutionäre Genomik, Institut für Experimentelle Medizin, CAU Kiel
seit 2009
Gastgruppenleiter, Max-Planck-Institut für Evolutionäre Biologie, Plön
2005 – 2009
Gruppenleiter, Evolutionsbiologie, Fakultät für Biologie, Ludwig-Maximilian-Universität München
2004 – 2005
Postdoc, Genetisches Institut, Universität Köln Forschungsgruppe von Prof. Diethard Tautz
wichtige wissenschaftliche Preise / Funktionen
seit 2012
Koordinator des Fachbereiches “Evolutionary Medicine” in dem Masterprogramm “Medical Life Sciences” der Medizinischen Fakultät
seit 2011
Mitglied des Lenkungsausschusses, Exzellenzcluster “Inflammation at Interfaces”
seit 2010
Fakultätsmitglied, International Max Planck Research School in Evolutionary Biology
Forschung
Publikationen
2019
FeaturedComparative analysis of amplicon and metagenomic sequencing methods reveals key features in the evolution of animal metaorganisms
Rausch P, Rühlemann M, Hermes BM, Doms S, Dagan T, Dierking K, Domin H, Fraune S, von Frieling J, Hentschel U, Heinsen F-A, Höppner M, Jahn MT, Jaspers C, Kissoyan KAB, Langfeldt D, Rehman A, Reusch TBH, Roeder T, Schmitz RA, Schulenburg H, Soluch R, Sommer F, Stukenbrock E, Weiland-Bräuer N, Rosenstiel P, Franke A, Bosch T, Baines JF (2019) Microbiome, doi: 10.1186/s40168-019-0743-1
FeaturedNeutrality in the metaorganism
Sieber M, Pita L, Weiland-Bräuer N, Dirksen P, Wang J, Mortzfeld B, Franzenburg S, Schmitz RA, Baines JF, Fraune S, Hentschel U, Schulenburg H, Bosch TCG, Traulsen A (2019) PLoS Biol., DOI: 10.1371/journal.pbio.3000298
FeaturedSequence and cultivation study of Muribaculaceae reveals novel species, host preference, and functional potential of this yet undescribed family
Lagkouvardos I, Lesker TR, Hitch TCA, Gálvez EJC, Smit N, Neuhaus K, Wang J, Baines JF, Abt B, Stecher B, Overmann J, Strowig T, Clavel T. (2019) Microbiome 7(1):28. doi: 10.1186/s40168-019-0637-2
2018
Gut dysbiosis with Bacilli dominance and accumulation of fermentation products precedes late-onset sepsis in preterm infants.
Graspeuntner S, Waschina S, Künzel S, Twisselmann N, Rausch TK, Cloppenborg-Schmidt K, Zimmermann J, Viemann D, Herting E, Göpel W, Baines JF, Kaleta C, Rupp J, Härtel C, Pagel J (2018) Clin Infect Dis. doi: 10.1093/cid/ciy882
Exposure to the gut microbiota drives distinct methylome and transcriptome changes in intestinal epithelial cells during postnatal development
Low-level mitochondrial heteroplasmy modulates DNA replication, glucose metabolism and lifespan in mice.
Hirose M, Schilf P, Gupta Y, Zarse K, Künstner A, Fähnrich A, Busch H, Yin J, Wright MN, Ziegler A, Vallier M, Belheouane M, Baines JF, Tautz D, Johann K, Oelkrug R, Mittag J, Lehnert H, Othman A, Jöhren O, Schwaninger M, Prehn C, Adamski J, Shima K, Rupp J, Häsler R, Fuellen G, Köhling R, Ristow M, Ibrahim SM (2018); Sci Rep. 8(1):5872. doi: 10.1038/s41598-018-24290-6
Exposure to the gut microbiota drives distinct methylome and transcriptome changes in intestinal epithelial cells during postnatal development.
Pan WH, Sommer F, Falk-Paulsen M, Ulas T, Best P, Fazio A, Kachroo P, Luzius A, Jentzsch M, Rehman A, Müller F, Lengauer T, Walter J, Künzel S, Baines JF, Schreiber S, Franke A, Schultze JL, Bäckhed F, Rosenstiel P (2018); Genome Med. 10(1):27. doi: 10.1186/s13073-018-0534-5
The evolution of ecological facilitation within mixed-species biofilms in the mouse gastrointestinal tract.
Lin XB, Wang T, Stothard P, Corander J, Wang J, Baines JF, Knowles SCL, Baltrūnaitė L, Tasseva G, Schmaltz R, Tollenaar S, Cody LA, Grenier T, Wu W, Ramer-Tait AE, Walter J (2018); ISME J. doi: 10.1038/s41396-018-0211-0
2017
Application of the distance-based F test in an mGWAS investigating β diversity of intestinal microbiota identifies variants in SLC9A8 (NHE8) and 3 other loci.
Rühlemann M C, Degenhardt F, Thingholm L B, Wang J, Skiecevičienė J, Rausch P, Hov J R, Lieb W, Karlsen T H, Laudes M, Baines J F, Heinsen F A, Franke A (2017); Gut Microbes., 8:55. doi: 10.1080/19490976.2017.1356979
2016
FeaturedGenome-wide association analysis identifies variation in vitamin D receptor and other host factors influencing the gut microbiota.
Wang J, Thingholm L B, Skiecevičienė J, Rausch P, Kummen M, Hov J R, Degenhardt F, Heinsen F A, Rühlemann M C, Szymczak S, Holm K, Esko T, Sun J, Pricop-Jeckstadt M, Al-Dury S, Bohov P, Bethune J, Sommer F, Ellinghaus D, Berge R K, Hübenthal M, Koch M, Schwarz K, Rimbach G, Hübbe P, Pan W H, Sheibani-Tezerji R, Häsler R, Rosenstiel P, D’Amato M, Cloppenborg-Schmidt K, Künzel S, Laudes M, Marschall H U, Lieb W, Nöthlings U, Karlsen T H, Baines J F, Franke A (2016); Nat Genet., 48(11):1396-1406. doi: 10.1038/ng.3695